在有公爵庐多维科王徽装饰的主窗下，达芬奇选择了食堂北墙绘制他打稿已久的油画“最后的晚餐”，就连颜料也是他自己的发明，是一种油彩与蛋彩的混合颜料。而非中世纪时期广被运用的湿壁画颜料。此颜料因混合了有机物，据知是鸡蛋与牛奶，而且达芬奇涂的很薄，导致“最后的晚餐”在五十年后就因湿气而开始严重剥落，修道院费尽心力修补此画多次。
 时间：1652年     

会院在墙上开了一道小门，因此将画中耶稣与三个门徒的脚给截去了。
 时间：1796年     
拿破仑的法军占领米兰，会院被法国军方占用，据记载该食堂被用来当做马房。
 时间：1943年     
二次大战期间，米兰遭受盟军剧烈的轰炸，所幸会院并没有被完全摧毁，为保护画作，意大利法西斯军方与人民以沙包、钢架、木板将整面墙做了严密的保护，战后修复了顷倒的其他屋体之后，才重新公开此画。今日去参观此画，仍可看到当时的照片纪录。
 时间：1982年     
意大利成立修复小组，并在Olivetti的资助下，开始用科学仪器辅助清洗并修补“最后的晚餐”，主持修复计划的是米兰的一位艺术史教授比宁·布拉姆比拉（Pinin Brambilla Barcilon）。此举虽满足世人长久以来的愿望，但也引起艺术界的一些争议，因此修复过程相当久，直到1999年3月才重新公开展示此画。